В канализацию Нью-Йорка попала колба с радиоактивным веществом и разбилась. Черепахи, обитающие в канализации, попадают под влияние действия мутагенного радиоизлучения жидкости и превращаются в человекоподобных черепах-подростков. Их находит другой мутант — сэнсэй Сплинтер, крыса ростом с человека. Сплинтер даёт найденным черепахам имена Микеланджело, Донателло,Рафаэль и Леонардо и воспитывает в духе восточных единоборств. Друзьями их становится рыжая молодая девушка журналист Эйприл О’Нил, и Кейси Джонс, мститель и истребитель нечисти. Теперь главная задача четырёх героев — победить коварного злодея-ниндзя Ороку Саки, известного как Шреддер.